Замдиректора ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора, член-корреспондент РАН, доктор медицинских наук, профессор Александр Горелов рассказывает о том, что он не настоящий сварщик, а каску на стройке нашёл:

— Какое открытие вы сделали, изучая многочисленные мазки на COVID-19?
— Ключевым открытием стали бессимптомная и малосимптомная формы, о которых вообще человечество не знало. Я 38 лет работал с инфекциями и не знал о бессимптомных формах инфекционного процесса при вирусах, а сейчас он описан.

Да что вы говорите, Горелов! У вас какое-то свое, особое человечество, видимо.

Теперь стоит задумываться об изучении бессимптомного течения гриппа. В стационар пациенты с такой формой раньше не поступали, а в амбулаторной практике мы этиологическую расшифровку не проводили. Эпидемия коронавируса подтолкнула к таким исследованиям.

Срочно перешлите Горелову хотя бы первую публикацию в выдаче
The fraction of influenza virus infections that are asymptomatic: a systematic review and meta-analysis, 2016 год, WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Epidemiology and Control, School of Public Health, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong, Hong Kong Special Administrative Region, China

— Если человек переболел коронавирусом, он может подхватить, например, британский штамм?
— Если вирус не мутирует на 15% в геноме, как SARS-CoV-1 до SARS-CoV-2, то волноваться не стоит. Сейчас мутации COVID-19 составляют тысячные доли процента. Большинство мутаций нейтральные, и в России их уже обнаружено к настоящему моменту более 1,5 тыс. Осенью была выявлена так называемая сибирская мутация, но об этом мало кто знает. Переболевшему человеку с крепким иммунитетом уже не страшны южноафриканский, японский, бразильский штаммы.

Ох, подпишите кто-нибудь Горелова хотя бы на @coronamed, отслеживание и анализ публикаций там, по-видимому, и не ночевали.

— В Москве объявили о возвращении к нормальной жизни. Почему нельзя переставать носить маски даже в условиях снятия ограничительных мер?
— Абсолютно нормальной она не может быть. Расслабляться преждевременно, потому что мы не сформировали коллективный иммунитет. Он появится, когда 60% непереболевшего взрослого населения будут провакцинированы. Пока мы не можем говорить об иммунной прослойке, поэтому расслабляться рано.
Вирус никуда не ушел, он рядом с нами. Если мы быстро привьем 60% здорового взрослого населения, то победим инфекцию.

Почему 60%? Каким генератором случайных чисел пользуетесь, профессор?

— Ожидается ли подъем заболеваемости весной?
— В этом году нет. Осенью была стадия умеренного роста, сейчас стадия стабилизации эпидемического процесса, которая обычно занимает месяца два. Потом должно быть стабильное снижение, которое захватит и весну. А летом традиционно низкая заболеваемость.

О, сколько вам открытий чудных готовит просвещенья дух.

C разрешения Ольги Матвеевой публикуем выжимку её аналитики по вакцине ЭпиВакКорона от ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора.

1️⃣В Роспотребнадзоре заявили о 100%-ной иммунологической эффективности "Эпиваккороны". А почему не 200%? Имеется в виду эффективность провоцирования иммунного ответа, но не защиты добровольцев от заболевания. Однако и с иммунным ответом полная непрозрачность, про него не известно самого главного: являются ли антитела протективными и появляется ли Т-клеточный ответ. Нет там вообще не сравнивали заражение. Утверждение основано на анализе антител (пост Ольги в ФБ)

2️⃣ЭпиВакКорона антител - либо нет, либо титр очень маленький. Я сделала сравнение между уровнем антител к шиповидному белку, который развивается у вакцинированных Спутником и ЭпиВакКороной. Прицепляю картинку. На картинке видно, что после вакцинации Спутником титр антител у испытуемых в интервале от 1600 до 50000, в то время как у про вакцинированных ЭпиВакКороной он колеблется от нуля до 200. Данные по Спутнику я взяла из публикации в Ланцете, а данные по ЭпиВакКороне мне прислали от самоорганизовавшейся группы участников испытаний, которые сами решили сдать анализ на антитела. Добровольцы - участники испытаний, объединились в группу (группа в телеграмме @epivakorona). В этой группе четверть испытуемых должна была получить плацебо. Какие-то нули в этой группе ожидаемы. Однако в независимости от плацебников можно видеть, что общий уровень антител не сравнится с уровнем провакцинированных Спутником. Все анализы антител сделаны системой рекомендованной Вектором для такого анализа (пост Ольги в ФБ c графиками и ссылками)

3️⃣Сделать разметку на последовательности шиповидного белка так чтобы увидеть пептиды из патента ЭпиВакКороны и пептиды, которые в эксперименте провоцируют у людей выработку нейтрализующих антител придумала Маргарита [Романенко]. Вот патент

Я повторила работу Маргариты и вот, что получилось. На картинке видно, что пептидные иммуно-доминантные эпитопы, которые у большинства людей видит иммунная система (покрашены зелёным и голубым), расположены в других местах белка и не перекрываются ни с одним из пептидов, которые использует или может использовать в своей вакцине Вектор (покрашены красным).

Увы, но шанс, что вакцина не провоцирует образование нейтрализующих антител, а провоцирует антитела направленные на His Tag химерного рекомбинантного белка не маленький. Этим можно было бы объяснить почему антитела (якобы на шиповидный белок) видят только некоторые коммерческие системы, а другие не видят. В тех системах, которые "видят" антитела в белке на подложке присутствует His Tag. Такую гипотезу тоже высказала Маргарита. А вот статьи в которых картировали пептиды.
(пост Ольги в ФБ с рисунками и ссылками)

4️⃣В начале декабря были опубликованы эти ответы Вектора на вопросы по ЭпиВакКороне. 
У меня есть свои вопросы и комментарий.

Сказано представителем Вектора: “В рамках клинических исследований фазы I-II, начатых в июле 2020 года, индукция специфических антител произошла у 100 % добровольцев“ Мой вопрос: 

“были ли среди этих антител нейтрализующие и/или протективные?”

Сказано представителем Вектора: “Критериями оценки эффективности являлась доля добровольцев с повышением уровня иммунного ответа в виде средних геометрических титров специфических антител в иммуноферментном анализе более чем в ≥ 4 раза через 21 день после второй вакцинации и 90, 180 и 270 дней после первой вакцинации по сравнению с плацебо.” Мой вопрос все тот же: 

“были ли какие то антитела из обнаруженных протективными?”

Сказано представителем Вектора: “Таким образом исследования безопасности и эффективности вакцины «ЭпиВакКорона» будут продолжены при проведении III-IV фазы клинических исследований.” Комментарий: 

С декабря уже началась массовая вакцинация этой вакциной. Мы так и не знаем ничего, ни про наличие протективных антител, ни про способность вакцины защищать от инфекции. Вместо 100% эффективности мы имеем 100% непрозрачность.
(пост Ольги в ФБ)

CORGI, Аналитическая справка «Эволюционные изменения в геноме вирусов SARS-CoV-2, циркулирующих на территории России»:

По поручению Министра здравоохранения Российской Федерации М.А. Мурашко и в рамках исполнения государственного задания, Российским Консорциумом по секвенированию генома коронавирусов под руководством ФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева» Минздрава России проведено секвенирование 1547 полных геномов вирусов SARS-CoV-2, циркулирующих в Российской Федерации. Генетическим надзором охвачены 56 регионов страны. В настоящее время на территории Российской Федерации доминирует генетический клайд GR (89% всех циркулирующих вирусов), представленный в основном генетической линией B.1.1 и ее производными. Данная линия возникла в конце февраля 2020 года, встречается в мире повсеместно и составляет более 55% генетического разнообразия вирусов SARS-CoV-2 в России. Всего в стране зафиксировано более 77 дочерних генетических линий B.1.1.x, однако большинство из них представлены единичными вирусами и не имеют широкого географического распространения.

Анализ доступных в международной базе данных GISAID последовательностей геномов SARS-CoV-2 из России демонстрирует их невысокую изменчивость. Большинство исследованных вирусов отличаются не более, чем на 25 нуклеотидов от исходного «уханьского» вируса. Проведенный анализ изменений в структуре поверхностного белка S (белок шипа) показал, что большинство вирусов (63,4%) отличались от него лишь на один аминокислотный остаток. В подавляющем большинстве случаев имела место мутация D614G, характерная для представителей клайда G и его производных GH и GR, имеющих глобальное распространение. В свою очередь, 33,3% циркулирующих вирусов несут 2-3 замены, и лишь 2,9% имеют 4 и более замен.

Определена частота встречаемости отдельных мутаций SARS-CoV-2 в сравнении с другими странами. Например, ранее уже привлекавшая внимание замена M153T в S-белке, чаще обнаруживается среди российских изолятов. Выявлен ряд замен, находящихся под действием эволюционного отбора: Q675R в S-белке и A211V в N-белке, количество которых имеет тенденцию к нарастанию в российской популяции. Функциональное значение данных замен для вируса пока не известно. Вместе с тем, штаммы, обладавшие такими заменами не связаны с утяжелением клинической картины заболевания.

Cреди вирусов, выявленных в России, в настоящее время не обнаружено вариантных штаммов из Великобритании (за исключением завозного случая в декабре), Бразилии, ЮАР и США. Мониторинг таких штаммов продолжается на постоянной основе.

Полученные к настоящему моменту данные свидетельствуют о невысокой скорости изменчивости возбудителя COVID-19 и эффективности применяемых российских вакцин против коронавирусной инфекции. Продолжающаяся массовая вакцинация населения нашей страны будет способствовать эффективному контролю числа случаев заболевания наряду с другими мерами сдерживания эпидемии.

GISAID (поставили дату 16 декабря, когда Великобритания сообщила о новом варианте):

91 of 2 225 genomes collected between December 2020 and January 2021, last updated 2021-01-30

Напомним, что Российский консорциум по секвенированию геномов коронавирусов CORGI, в котором работает как минимум несколько блестящих молодых учёных мирового уровня - это тот щит, который стоит сейчас между нами и новыми опасными штаммами коронавируса.

Будем признательны, если распространение информации о них и об их деятельности приведет к появлению публикаций в СМИ об этом чрезвычайно важном проекте.

Жуткая история о том, как в неумелых руках вакцинация превращается в эпизод суперраспространения ковида.

В доме престарелых в городе Лагартера (провинция Толедо, Испания) 78 пациентов и 32 из 33 сотрудников были иммунизированы 1 дозой препарата Pfizer/BioNTech 13 января. Через 6 дней у 10 пациентов появились симптомы ковида (недомогание, головная боль, диарея) – органы здравоохранения списали их на побочные эффекты от вакцины. C 18 января, на 5 день после вакцинации, начали уходить на больничный работники дома престарелых.

Солнечные испанцы не предпринимали чрезвычайных мер до 21 января, когда из-за роста числа заболевших они наконец-то догадались изолировать всех стариков в их комнатах. 22 января у всех взяли материал для ПЦР, 25 января пришли результаты: 77 из 78 пациентов оказались ков+.

К настоящему времени 8 стариков умерли, 4 находятся в больнице, 12 из 33 работников на больничном. Всего в муниципалитете Лагартера с населением 1369 человек в период с 11 по 24 января зарегистрировано 113 случаев ковида.

В Великобритании зафиксировано распространение южноафриканского штамма.

Он подтверждён у 11 человек в 8 локациях: 3 лондонских боро Мертон, Харинги и Илинг, а также в Хартфордшире, Саррее, Кенте, Уолсолле и Сефтоне. Ни у одного из пациентов нет истории контактов с вернувшимися из-за рубежа.

Что делают власти? Опубликованы индексы, где выявлено заражение: W7, N17 и CR4 в Лондоне, WS2, ME15, EN10, GU21 и PR9. С четверга начинается тестирование всех людей старше 16 лет, проживающих по адресам с этими индексами – всего за 2 недели планируется охватить 80000 человек. Материал для ПЦР будет забираться вне зависимости от наличия или отсутствия симптомов – на дому (door-to-door) и в мобильных пунктах, которые развернет Минздрав. Будут мониторироваться пробы сточных вод.

Кто интересуется Спутником V? Кое-что сегодня выложили в Ланцет
Safety and efficacy of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine: an interim analysis of a randomised controlled phase 3 trial in Russia

Постковидный синдром (или long-covid) внесен в Международный классификатор болезней МКБ-10.

Группа ученых из США и Мексики провела обзор крупных исследований, в которых описывались последствия коронавируса и обнаружила 55 симптомов, с которыми миллионы людей борются спустя месяцы после заболевания.

В обзор включены 15 исследований из разных стран, которые охватывали около 44,8 тысяч пациентов 17-87 лет перенесших легкое, умеренное и тяжелое течение COVID-19. Срок наблюдений составил от двух недель до 100 дней.

Анализ показал, что не менее 80% людей, имеющих подтвержденный коронавирус в анамнезе, не чувствуют себя полностью выздоровевшими, а у некоторых симптомы не только сохранились, но и усилились спустя месяцы.

Чаще всего пациенты с long-covid жалуются на сильную утомляемость (58%), хронические головные боли (44%), нарушения концентрации внимания и проблемы с памятью (25%). Четверть переболевших, в первую очередь женщин, сообщают о выпадении волос.

У 34% переболевших выявлены патологии легких на рентгеновских и КТ-снимках и повышении концентрации D-димера в крови, что указывает на высокий риск образования тромбов (20% пациентов). Также в обзоре сообщается о таких последствиях, как сдавленность в груди, одышка, ночная потливость кашель, апноэ во сне, депрессии, тревожность и навязчивые состояния.

Эти результаты согласуются с данными исследования с участием 1733 пациентов, которое опубликовали в январе врачи из Уханя. В течение шести месяцев медики наблюдали за состоянием здоровья людей, которым потребовалась госпитализация, и проводили регулярные обследования.

76% пациентов сообщили как минимум об одном симптоме заболевания спустя полгода. Чаще всего переболевшие жаловались на повышенную утомляемость и мышечную слабость — 63%. Еще 26% участников исследования пожаловались на проблемы со сном, тревожность и депрессию. 

ТАСС: Производство "ЭпиВакКороны" с июня должно достигнуть 5 млн доз в месяц, заявил Медведев.

Много чего можно написать о публикации разработчиков Спутника в Ланцете, но мы не будем (может быть позже и коротко), и вот почему: эффективность вакцин первого поколения – вопрос, стремительно теряющий актуальность.
Актуальна вот какая проблема: 11 изолятов, которые были названы в прессе южноафриканским вариантом, таковым не являются. Есть основания считать, что это результат эволюции британского штамма вируса.

Вот параграф из отчета Расследование нового варианта SARS-CoV-2 VOC 202012.01, Технический брифинг 5 от 1 февраля (17 страница):

Обнаружение мутации E484K в B.1.1.7 VOC 202012/01

Датасет COG-UK (общее количество последовательностей 214 159) был проанализирован 26.01.2021. Мутация белка шипа E484K (обнаруживается в VOC 202012/02 B1.351 [южноафриканский вариант] и VOC 202101/02 P1 [бразильский вариант]) была обнаружена в 11 последовательностях B1.1.7. Предварительные данные позволяют предположить, что событий приобретения мутации /acquisition event/ было больше одного.

В целом с момента обнаружения E484K независимо в двух разных регионах мира было ясно, что это не случайная замена, распространившаяся благодаря «эффекту основателя» /founder effect/ - а эволюционный путь вируса для обхода иммунитета. Если вы не в теме, прочтите наш декабрьский лонгрид о мутациях, который мы написали, еще не зная о E484K и об амазонском варианте (честно сказать, писать его мы начали, когда еще и британского с южноафриканским вариантом не было, а были только норки и кластер 5).

Массовое и не зависимое друг от друга возникновение этой ключевой мутации в разных точках земного шара означает, что закрытие границ не обеспечивает защиту от появления штамма с этой мутацией внутри любой популяции – особенно такой, где идет бесконтрольная передача вируса.

Снижение эффективности вакцин в отношении вариантов с заменой E484K в последние недели из предположения превратилось в научный консенсус. Данные об эффективности вакцин первого поколения против штаммов 2020 года (включая вчерашнюю публикацию в Ланцете) безнадежно устарели, и мы не видим ни смысла их обсуждать, ни повода им радоваться.

Ну и несколько цитат по этому поводу:

Джонатан Стоу, руководитель группы в Лаборатории изучения взаимодействий ретровирус-хозяин Института Фрэнсиса Крика:

Мутация E484K идентифицирована у небольшой части вирусов британского варианта. Это говорит о том, что британский вариант теперь самостоятельно приобретает замену E484K. С вирусологической точки зрения появление новых вариантов благодаря мутации в процессе репликации нельзя считать неожиданным. Из опубликованного отчёта, по-видимому, следует сделать вывод, что в условиях очень высокого уровня репликации вируса даже самые строгие меры пограничного контроля, хотя и могут задерживать распространение, вряд ли могут предотвратить появление новых вариантов.

Джулиан Танг, клинический вирусолог, Лестерский университет:

В этом обновленном отчете PHE по британскому варианту B.1.1.7/VOC 202012/01 упоминается приобретение мутации E484K, что является тревожным событием, хотя и не совсем неожиданным.

Мутация E484K уже присутствует в южноафриканских вариантах B.1.351/501Y.V2 и бразильских B.1.1.28/P1/P2 - и теперь считается основной мутацией, влияющей на эффективность вакцины.

Наша популяция [население Великобритании] может стать плавильным котлом для различных появляющихся вариантов SARS-COV-2/COVID-19, поэтому нам остро необходимо снизить частоту контактов, чтобы уменьшить возможности для распространения/репликации вируса и снизить скорость, с которой эволюционируют различные варианты вируса.

Если мутация E484K будет приобретена большинством вирусов британского штамма B.1.1.7, то результаты недавних исследований, показавшие, что мРНК-вакцины по-прежнему могут обеспечить оптимальную защиту против исходного британского варианта, не будут более соответствовать действительности.

И еще два мнения в следующем посте⬇️

Продолжение, начало здесь

Саймон Кларк, клеточный микробиолог, Университет Рединга:

Мутации возникают спонтанно и преуспевают, если обеспечивают вирусу преимущество. В лабораторных исследованиях наличие этой мутации [E484K] означало ухудшение способности антител связываться со спайк-белком вируса и мешать ему разблокировать человеческие клетки для проникновения внутрь.

Клинические испытания Novavax и Johnson & Johnson показали, что их новые вакцины были менее эффективны в Южной Африке по сравнению с Великобританией или США: предполагается, что это произошло из-за высокой распространенности варианта вируса, несущего мутацию E484K.

Лоренс Янг, вирусолог, профессор молекулярной онкологии Уорикского университета:

Первые результаты испытаний вакцин Novavax и Janssen показывают снижение защитной способности вакцин в Южной Африке по сравнению с результатами в Великобритании или США. Мутация E484K может способствовать снижению эффективности вакцины. Есть также опасения, что южноафриканский вариант может более эффективно реинфицировать людей, которые ранее были инфицированы исходной формой вируса. Таким образом, варианты B.1.1.7, несущие мутацию E484K, могут быть более эффективными в повторном заражении.

Событие приобретения означает, что мутация E484K была приобретена вариантом B.1.1.7 в процессе репликации вируса и отбора вариантов, более приспособленных к росту при наличии антительного ответа. Это вызывает беспокойство. Это показывает, что вирус с высокой вероятностью находится в процессе адаптации к нашему иммунному ответу.

Краткий и содержательный научный бриф по новым штаммам (британскому, южноафриканскому, амазонскому) на сайте Центров по контролю и профилактике заболеваний США

Британская GSK и немецкая CureVac договорились о совместной разработке нескольких вакцин на основе мРНК с тем, чтобы приблизиться к выводу на рынок одной поливалентной вакцины, которая сможет защитить в том числе от новых штаммов COVID-19: https://bit.ly/3tpPDIT

А мы говорили же, что среди вакцин разной степени успешности у нас есть любимчик?

Это ChAdOx1 АстраЗенеки и Оксфорда – удивительная вакцина: с её КИ всё время происходят разные злоключения, дизайн исследования приходится адаптировать к новым реалиям, в итоге результаты превратились в винегрет, в котором довольно трудно разобраться – но если все же начать это делать, то оказываешься в настоящей шекспировской драме.

Есть ощущение, что команда Оксфорда/АстраЗенеки не очень-то стремится к призовым местам в гонке вакцин: со своими ~70% эффективности Чедокс1 позади многих, но без манипуляций и натягивания сов на глобус не обошлось – разберем их новый промежуточный анализ на дату отсечения 7 декабря (разбор первого промежуточного анализа на 4 ноября лежит здесь).

Но сначала подробнее о злоключениях:

Злоключение один началось с того, что вакцину, которая разрабатывалась для однократного введения (и проверялась в таком режиме в фазе 1), 20 июля было решено перевести в 2-дозовый режим, поскольку эффективность по схеме прайм-буст с интервалом 28 дней (4 недели) по предварительным данным фазы I/II показалась разработчикам более высокой.

Тогда же возникла рабочая гипотеза, что чем меньше интервал между v1 и v2 – тем лучше защита. Но вот беда - к моменту модификации дизайна исследования для части уже набранных участников возрастной группы 18-55 с даты v1 прошло более 28 дней, плюс с изготовлением вакцины для буста в срок возникли проблемы, и логистика на местах не везде отработала.

В итоге 17176 человек (в общих данных заявлено 17177, но в детализации мы одного не досчитались), получивших 2 дозы вакцины/плацебо, пришлось разделить на подгруппы по интервалу между 1 и 2 дозой: менее 6 недель, 6-8 недель, 9-11 недель, 12 и более недель. Подгруппа 12 и более недель продемонстрировала самую высокую эффективность вакцины против симптоматического ковида, 80,7% против 54,9% в подгруппе менее 6 недель – но интерпретацию этого результата осложняет неоднородность четырех подгрупп, которая образовалась из-за второго злоключения.

Злоключение два произошло, когда началось производство препарата для 3 фазы КИ в Великобритании. Подрядчик, выпускавший вакцину для I/II фазы КИ, измерял концентрацию аденовируса в вакцине методом спектрофотометрии - в дозе должно было быть 5 х 10 в 10 степени вирусных частиц (SD – single dose). При контроле качества первой партии для 3 фазы от другого подрядчика вакцину исследовали методом спектрофотометрии и методом ПЦР – и во втором случае намерили всего 2,2 х 10 в 10 степени вирусных частиц в дозе.

Было решено считать приоритетной концентрацию по спектрофотометрии – а зря: уже после начала вакцинации по снижению реактогенности вакцины организаторы поняли, что что-то не так, и обнаружили, что некое вспомогательное вещество в составе вакцины из новой партии «неожиданно» исказило результаты спектрофотометрии, а корректным все это время был результат ПЦР.

Так появилась на свет низкая доза LD – low dose и когорта LD/SD: в первом промежуточном анализе она включала 2741 человек, которым сделали первый укол в период с 31 мая по 10 июня - во втором анализе когорта LD/SD немного больше, 2764 человека в Британии и 2798 суммарно.

Продолжение⬇️

Группа LD/SD в исследовании Чедокс1 стоит особняком: в ней только Великобритания, только возраст 18-55, группу сформировали в короткий период с 31 мая по 10 июня, а буст они начали получать только с 3 августа (медианный интервал между v1 и v2 получился 84 дня, или 12 недель). Примерно две трети этой группы – женщины, чуть более 90% - белые, и также чуть более 90% - медицинские или социальные работники (у исследования вообще очень сильный сдвиг в сторону медицинских и социальных работников, если интересно, посмотрите таблицу из 1 промежуточного анализа по ссылке).

В этой особенной группе эффективность вакцины существенно выше, чем среди остальных участников (дозировка SD/SD): 80.7% против 63.1%, в её вакцинной руке процент случаев ковида – и симптоматического, и бессимптомного – по сравнению с контролем ниже, чем в когорте SD/SD.

Это могло бы говорить о большей эффективности LD/SD, но с 10 июня, после исправления ошибки с дозировкой, эту группу практически не расширяли (добавилось 57 человек), временная авторизация ChAdOx1 в Великобритании выдана для дозировки SD/SD, и насколько мы смогли выяснить, в массовой вакцинации дозировка LD не используется – все косвенно указывает на то, что более высокую эффективность вакцины в этой когорте разработчики пока связать с дозировкой LD не смогли.

Однако они смогли кое-что другое - интегрировать данные этой особенной группы во все расчеты, так что она сместила в выигрышную для вакцины сторону и общие показатели эффективности Чедокс1, и показатели эффективности режима с интервалом 12 и более недель.

Мы в такое не играем, и смотреть эффективность будем для дозировки SD/SD.

Продолжение⬇️

И что же там?

🔶Сначала смотрим когорту SD/SD, симптоматический ковид:

Участников просили (и регулярно напоминали) связываться с организаторами, если они заметят у себя определенные симптомы, связанные с COVID-19. Те, кто соответствовал симптоматическим критериям, направлялись на клиническую оценку, в том числе на взятие мазка для амплификации нуклеиновых кислот NAAT (обычно это метод ПЦР). В Великобритании и Бразилии для направления на тест было достаточно хотя бы одного из симптомов: температура 37,8° C и выше, кашель, одышка, аносмия (потеря обоняния), агевзия (потеря вкуса). Если участники проходили лабораторное тестирование вне исследования, результаты регистрировались и оценивались независимым комитетом по проверке конечных точек.

Две стандартных дозы, статистика начиная с 14 дня после v2, 7201 человек в группе вакцины, 7178 человек в группе контроля (физраствор или менингококковая вакцина MenACWY), 74 случая в группе вакцины, 197 – в группе контроля, эффективность 63.1%.

🔶Теперь смотрим когорту SD/SD, бессимптомный ковид/ковид с неизвестными симптомами:

В Великобритании было организовано тестирование участников группы COV002 по почте: начиная со 2 недели после введения 1 дозы, раз в неделю они должны были самостоятельно брать у себя материал из носа и горла и направлять организаторам по почте. Любые результаты мазков, которые не могли быть сопоставлены с участником исследования хотя бы по двум полям персональных данных, не были добавлены в базу данных исследования. Оценка симптомов в рамках тестирования по почте обычно не проводилась, поэтому выявленные случаи классифицированы как бессимптомные/без информации о симптомах.

Две стандартные дозы, статистика начиная с 14 дня после v2, 2692 человека в группе вакцины, 2751 человек в группе контроля, 41 случай в группе вакцины, 42 – в группе контроля, эффективность 2%.
Ауч, это больно!

🔶Ну и смотрим "любой ПЦР+" ковид в группе SD/SD (напомним, именно эта и только эта дозировка авторизована для массовой вакцинации)

Две стандартные дозы, статистика начиная с 14 дня после v2, 7201 человек в группе вакцины, 7178 человек в группе контроля, 132 случая (1.8%) в группе вакцины, 258 (3.6%) – в группе контроля, эффективность 49.5% в конской ширины доверительном интервале.

Не дотягивает до 50%, как мы и говорили после 1 промежуточного анализа.

Чтобы скрыть эту боль, организаторы делают следующее:

🔸берут симптоматический ковид в когорте SD/SD в трех странах (Великобритания, Бразилия, ЮАР) – это 271 случай

🔸добавляют почтовый ковид в когорте SD/SD из одной-единственной страны (Великобритания) – это 83 случая

🔸домазывают данными особенной британской группы LD/SD (хотя этот режим даже не авторизован для применения) – это 61 случай симптоматического ковида и 47 случаев ковида почтового

🔸к этим 462 случаям добавляют еще 36 каких-то ПЦР+ в когорте SD/SD и 9 каких-то ПЦР+ в когорте LD/SD (расшифровки по ним мы не нашли)

🔶объединяют это все в некий новый продукт «Any PCR+» и считают эффективность вакцины уже в этом фруктовом салате из яблок и апельсинов.

Насчиталось 54.1%, что, по мнению авторов публикации, «указывает на потенциал сокращения передачи [вируса] в режиме двух доз SD».

Overall reduction in any PCR+ was 54.1% (44.7%, 61.9%), indicating the potential for a reduction of transmission with a regimen of two SDs.

Где же обещанная шекспировская драма?
В третьем акте разработчики говорят: вакцина у нас барахло, но давайте покрутим данные разным образом - что если из нее все-таки можно что-то выжать?

Смотрим эффективность в зависимости от интервала между v1 и v2⬇️

Вот симптоматический ковид

Тут вроде все ясно: чем длиннее интервал между праймом и бустом, тем лучше результат. Для одобренного режима SD/SD при интервале 12 недель и более удалось получить аж 82.4% - однако из текста публикации следует, что участники с этим большим интервалом - преимущественно летние, когда у организаторов были проблемы с производством и логистикой и вторые дозы не подвозили вовремя. У осенних участников SD/SD, которых наконец-то провакцинировали с коротким интервалом (короткий интервал получили все участники возраста 55+ и все южноафриканцы) результаты умеренно плохие – между 50 и 60%.